弥彦用神罗天征将木叶夷为平地，就在这个时候，鸣人回来了。看到眼前的景象，鸣人完全不相信这就是曾经的木叶村。
火影用尽查克拉保护了村子的人，可是自己却一点战斗力都没有了，即使是这样，她还是决定站在战场上，赌上火影的名义同佩因一战。鸣人看到佩因动手攻击纲手，果断出击，仅仅一拳就打倒了一个佩因，鸣人和佩因的战斗终于开始了。
2、第384集、危机!消失的仙人模式
进入仙人模式的鸣人可以无伤使用风遁螺旋手里剑，他准备利用这招一次性解决佩因，没想到这次的螺旋手里剑比以前的更为强大，它不仅可以让鸣人丢出去还会慢慢扩大伤害范围。
为了切断轮回眼之间的联系，深作夫妇也加入了战斗，深作大人趁着风遁沙尘，将蛤蟆文太丢到了鸣人身边，在黑暗中，能够使用召唤术的佩因被鸣人轻松干掉，就在此时，鸣人的仙人模式消失了。
鸣人能够使用风遁螺旋手里剑的次数不多了，眼前还剩下两个佩因，就在这个时候，弥彦外貌的佩因使用万象天引将鸣人拉到他的身边，另一个能吸取查克拉的佩因将鸣人牢牢的抓住，鸣人的仙术被这个佩因吸走，脱离了仙人模式。
不料这竟然成为鸣人杀死佩因的契机，由于这个佩因吸收了过多的仙术，最终蛙石化了。
鸣人被弥彦外表的佩因狠狠地钉在了地上，毫无反击之力，这时，雏田突然出现在战场正中央，她暂时击退了佩因，尽管雏田早就知道自己不是佩因的对手，但她还是在意志的驱使下站在了这里。
她觉得只要能够保护鸣人，即使是死亡都不会让她害怕，性命攸关的时刻，一直内向的雏田终于向鸣人表白了。为了将鸣人身上的金属棒拔掉，雏田无论被佩因打倒多少次，还是爬起来继续战斗，可是，结果已经注定了。
雏田的受伤对鸣人来说是个不小的打击，甚至激发了鸣人体内九尾的力量，这种力量渐渐吞噬掉了鸣人的意识。鸣人已经出现了六条尾巴，众人担心鸣人即将变成九尾，好在佩因不敌鸣人，
逐渐逃离了木叶村的范围，村子才免于二次毁灭，远离了村子的佩因启动了地爆天星，被困在地爆天星中的鸣人已经出现了九条尾巴，九尾的封印即将被解开。
就在鸣人准备撕掉九尾的封印时，四代火影突然出现了。据四代火影所说，当鸣人出现第八条尾巴的时候，他将出现在鸣人的意识里。
鸣人的身世之谜也随着四代的出现，终于被解开了，原来鸣人是四代火影的儿子。与此同时鸣人得知当年九尾袭击木叶，完全是由一个强大的忍者所操纵的，不仅如此，这个忍者还利用佩因继续完成他袭击木叶的计划。
雏田在小樱的治疗下总算是醒了，与此同时，最后一个佩因也被鸣人打倒了。鸣人利用佩因身上的查克拉接收器找到了长门，自来也的两个弟子终于见面了。
在见到长门的那一刻，鸣人始终无法原谅长门对自己村子犯下的罪过，另外，他想知道同为自来也的徒弟，长门为何会残忍的杀害木叶的人们，究竟是怎样的过去使长门扭曲了自来也的信仰。
弥彦死后，长门代替弥彦成为了组织的首领，为了他们的目标，组织的成员接二连三的死去了，长门认为只要人存在，憎恨是不会消除的，自来也的想法根本就不切实际。
听完长门的故事，鸣人表示虽然理解长门的行为可还是无法原谅他的罪过。不过，自己是自来也的徒弟，自来也将希望寄托于他的身上，他就要相信自来也所相信的东西。得知站在他面前的人名叫鸣人，看到鸣人的决心，长门做了一个令人震惊的决定。
9、第518集、狭路相逢!!鸣人VS鼬
通过秽土转生之术复活的鼬及长门遇到了正在赶路的鸣人和奇拉比，二人对于鸣人的成长深感震惊，于是，鼬提出希望和鸣人单独交谈，鸣人也欣然答应了，就在这时，受到兜的操控，鼬开始向鸣人和奇拉比发起攻击。
单独同鸣人搏斗的鼬，心心念念的都是佐助的情况，并将佐助交付给了鸣人，与此同时，受到控制的长门也向鸣人发起了攻击。
鸣人和长门交战的过程中，发现长门居然会使用佩恩的全部忍术，被控制的长门完全不理会鸣人的问话，就在鸣人的灵魂即将被长门抽出的瞬间，奇拉比从天而降，尽管没有击败长门，
但是他的出现却缓和了鸣人的危机，就在奇拉比的查克拉即将被长门吸走的时刻，鼬出现了，他从长门手上救下了鸣人和奇拉比，但是鼬的出现能够帮助鸣人打败长门吗？
1.秽土长门在《火影忍者》手游中是一位强大的忍者，他拥有独特的技能和强大的力量。
2.技能一：“修罗之攻”是长门的标志性技能。他可以利用轮回眼的力量，将手臂变化成炮筒，聚集查克拉并发射强大的激光炮。这个技能可以连续释放三次，通过翻滚可以调整位置。当使用“吸魂术”将敌人按倒后，再次使用“修罗之攻”会召唤额外的手臂，进行近距离的毁灭性射击，造成巨大的伤害。
3.技能二：“轮回眼”使长门能够使用佩恩六道的能力。通过“饿鬼道”可以形成护盾吸收敌人的忍术；“人间道”可以拉扯敌人的灵魂并捏碎；“地狱道”可以召唤阎王；“畜生道”可以使用佩恩系列的通灵兽，并增幅25%的效果。默认情况下，双击技能按钮可以释放“封术吸印”；吸收忍术后，可以增加奥义点并减少“修罗之攻”的冷却时间。按住普攻键可以释放“神罗天征”。
4.奥义技能：“地爆天星·毁灭射击”是轮回眼的禁术。长门可以将查克拉高燃并浓缩成黑色球体，这个球体会自动漂浮到空中，并吸引周围的一切物体。利用这个力量，可以制造出巨大的岩石球体来包裹敌人。当敌人被困住后，使用“修罗之攻”向岩石球体射击，造成巨大伤害。
5.配合秘卷：“气旋”和“霸体”可以增加长门的防御和机动性。配合通灵兽如熊猫、变色龙和螃蟹，可以进一步提升长门的战斗能力。
