南京大学最好的学科专业：
理科：物理、化学、数学、计算机科学、地质学、天文学、生命科学等
文科：文学、历史学、经济学、社会学、英语、企业管理、情报学等
 

在中国校友会网和《21世纪人才报》主编的《2010中国大学评价研究报告》排名第六，在武书连、吕嘉、郭石林的 2010中国大学评价 南京大学排名第六。这两个大学排行榜是当前最流行，也最具有权威性的排行榜。