佩因潜入木叶的验尸房准备偷取同伴的尸体，就在他即将得手的时候，牙和他的母亲出现了。与此同时，弥彦外貌的佩因出现在纲手的面前，声称要和纲手谈谈合作的问题，如果纲手同意交出鸣人，他们将协助纲手管理村子。可是纲手拒绝了弥彦的要求，大战一触即发。
与此同时，静音终于揭开了黑色金属的秘密，并顺利解释了自来也留下暗号的真正含义。
四代火影建功立业、娶妻生子，就在即将走上人生巅峰的那一晚，他的好徒弟带土出现了，把九尾从漩涡玖辛奈的体内扯了出来，放任其攻击木叶。
这次危机没有造成太大损失，完全是因为四代火影灵活运用了飞雷神之术，转移了九尾的攻击并阻止带土。
四代火影死后，三代火影重新统治木叶，木叶经历过那次灾难，开始欣欣向荣蓬勃发展。但三代自己教出来的大蛇丸差点毁了这一切，大蛇丸联络砂隐村，密谋毁灭木叶。
大蛇丸的计划是自己杀掉三代火影，然后砂隐村的我爱罗在村里暴走，以实现最终目标，可他没想到自己会被三代封印双手，导致不得不提前逃离，我爱罗也被鸣人制服。
二代火影在位期间，爆发了自从上古乱世终结之后的第一次忍界大战，这次忍界大战在剧情里戏份很少，甚至没有正面描述过，不过从公式书以及各个细节中，我们会发现这是迄今为止最惨烈的一场大战。
这个过程中木叶村的战争形势并不乐观，而且战争的起因正是由于初代火影去世后，木叶失去了压制其他四个村子的能力。
战争后期，二代火影知道形势危急，不得不跟同样处于劣势的云隐村联盟，却在联盟现场被金角银角偷袭追杀而死。这是木叶史上第一个在跟其他忍村交战时死去的火影，在最坏的情况下，其他忍村将趁这个机会围攻木叶。但最终的结果并不是这样，木叶在那场战争中存活下来了。
剧情简介：佩因潜入木叶的验尸房准备偷取同伴的尸体，就在他即将得手的时候，牙和他的母亲出现了。与此同时，弥彦外貌的佩因出现在纲手的面前，声称要和纲手谈谈合作的问题，如果纲手同意交出鸣人，他们将协助纲手管理村子。可是纲手拒绝了弥彦的要求，大战一触即发。与此同时，静音终于揭开了黑色金属的秘密，并顺利解释了自来也留下暗号的真正含义。
剧情简介：弥彦用神罗天征将木叶夷为平地，就在这个时候，鸣人回来了。看到眼前的景象，鸣人完全不相信这就是曾经的木叶村。火影用尽查克拉保护了村子的人，可是自己却一点战斗力都没有了，即使是这样，她还是决定站在战场上，赌上火影的名义同佩因一战。鸣人看到佩因动手攻击纲手，果断出击，仅仅一拳就打倒了一个佩因，鸣人和佩因的战斗终于开始了。
天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，用神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。
《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人后力竭而亡。
