1、为替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的“仙术”训练。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，深作将自来也的遗作——《坚毅忍传》交给鸣人。
2、鸣人在九尾怂恿下准备揭开封印之时，四代封印的查克拉现身阻止，鸣人才得知自己的身世，四代与鸣人交谈后重新封印九尾，并消失。
3、鸣人脱离地爆天星的束缚，打败天道，并用逆向探查找到佩恩本体——长门。与鸣人的交谈中，长门被鸣人感化。
4、放弃原定计划，决定将梦想托付给鸣人，期盼鸣人能够完成几代人的使命，之后因施展外道·轮回天生之术复活卡卡西、静音、深作等所有死者而耗尽生命。鸣人送走小南，回到木叶。
5、参考资料来源：百度百科-火影忍者
第349集到353集是自来也和佩恩六道决战的第一部分，377集到389集，是木叶村众人决战佩恩六道的第二部分。
1、自来也VS佩恩六道（349集到353集）
剧情简介：自来也使出仙人模式，召来两位蛤蟆仙人（深作及志麻大人）相助，成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而牺牲。但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，六道均为尸体傀儡，受长门操控）。
自来也临死前回忆起跟波风水门及漩涡玖辛奈的对话，水门从自来也著作《毅力忍传》中为他们的儿子取名字曰鸣人。自来也又回忆起自己一生失败之事，并说出鸣人才是“预言之子”（后经大蛤蟆仙人亲自证实，长门和鸣人都是预言之子），因鸣人也正有那种绝不轻易放弃的毅力。
在千钧一发之际，自来也把关于佩恩的情报用指刻封印写在深作仙人的背上叫其带回木叶村。佩恩五道也向自来也进行反扑，最后被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作则成功逃回木叶。
2、木叶村众人VS佩恩六道（377集到389集）
剧情简介：佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。期间与卡卡西交战，并杀死了卡卡西，在用人间道得知了鸣人在妙木山后；
控制天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。
鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。毅力忍传的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。
鸣人与长门一番对话后，长门被其永不放弃的意志所打动，决心将促成和平的愿望交付鸣人。长门使用了禁术—外道‧轮回天生之术令木叶所有死亡者复活（包括卡卡西），却牺牲了自己的性命。
而小南把长门及弥彦的遗体带走，同样把希望托付给鸣人。鸣人决意继承师父（自来也）及师兄（长门）的遗愿。
